Collecties ontstaan door de voorkeuren van een specifieke tijd; verandering in smaak, waardering voor bepaalde makers en maatschappelijke ontwikkelingen zorgen ervoor dat een historisch gegroeide collectie aan relevantie kan verliezen. Onderzoek kan helpen een nieuw licht op vertrouwde kunstwerken te schijnen en nieuwe aanwinsten zorgen ervoor dat specifieke motieven en thema’s een extra lading krijgen. Door de collectie te verrijken en te verruimen met meer perspectieven, ontstaan er nieuwe verhalen. Zo wordt de museumcollectie steeds meer een afspiegeling van de samenleving.
De basis voor de collectie van Museum de Fundatie is gelegd door verzamelaar Dirk Hannema (1895-1984). Zijn collectie versmolt in de loop van de tijd met andere verzamelingen, zoals die van het echtpaar De Graaff-Bachiene, kunstenaar Paul Citroen, acteur Henk van Ulsen en longarts Willem Hogervorst. Door de jaren heen is de collectie ook aangevuld met de nodige aanwinsten. De collectie van Museum de Fundatie omvat kunst en vormgeving van de late middeleeuwen tot nu, evenals fotografie. Sinds 1993 beheert Museum de Fundatie ook de collectie moderne en hedendaagse kunst van de provincie Overijssel. Samen omvatten de collecties ongeveer 15.500 objecten.