De Sint Willibrorduskerk in Bodegraven is beroemd om zijn prachtige orgel. Dit instrument is gebouwd door de negentiende-eeuwse orgelmaker Michaël Maarschalkerweerd (1838-1915).
Maarschalkerweerd was in zijn tijd een zeer beroemd orgelbouwer, die onder meer ook het orgel van de Catharinakathedraal in Utrecht gebouwd heeft. Het orgel in de Sint Willibrorduskerk is met zijn circa 1.500 pijpen, verdeeld over 27 oude en nieuwe registers, het grootste van Bodegraven. Tijdens de openingstijden zijn bezoekers welkom in de kerk voor het opgeven van gebedsintenties, een gesprek of een kopje koffie. In het weekend kunnen vieringen worden bijgewoond.