De collectie van het Hertogsgemaal bestaat grotendeels uit archeologische vondsten en reconstructies uit de oudheid. De collectie is verdeeld in vier delen: vondsten uit de steentijd, de ijstijd, de middeleeuwen en de Tweede Wereldoorlog. De meeste vondsten zijn gedaan in en rondom Den Bosch. Vondsten uit de oude binnenstad uit de tijd van Julius Caesar, skeletten van uitgestorven mammoeten, beren en neushoorns. Alle items samen vormen een mooie tijdlijn van de stad.
Het museum is gevestigd in een oud gemaal, dat werd gebouwd tussen 1940 en 1945. In 2002 werd het uitgeroepen tot Rijksmonument en werd het officieel cultuurhistorisch erfgoed. Kinderen kunnen zelf het museum verkennen of een kleine speurtocht van ongeveer een half uur volgen. Af en toe kunnen ze hier een prijs mee winnen, en niet zomaar eentje: een echte archeologische vondst uit de oudheid!